Pasaron dos años y medio, como se han de esperar hay algunas diferencias:
Sakura y NarutoDos años y medio han pasado y estos dos personajes han cambiado mucho.Sakura ya no es un estorbo para el grupo, ya que gracias a al entrenamiento de Shizune ha conseguido una fuerza sobrehumana aplicando el chakra a sus brazos y piernas (igual que Tsunade)Por otra parte Naruto entrenó con el Sannin legendario: Jiraiya e igual ha mejorado como Sakura.Pero hay un principal problema, como el examen chuunin de la 3° temporada fue interrumpido por la invasión este se suspendió, y a ellos dos como nos lo vonlvieron a presentar todavía son Genins
El renegado Sasuke ha sido corrompido por el sello de Orochimaru y ahora, por su sed de poder se ha vuelto contra los que una vez fueron sus amigos
Después de la fallida invasión del país de la Arena y el Sonido a la Hoja, el país de la Arena se volvió el principal aliado de la Hoja.Después de la batalla contra Naruto, Gaara aprendió el valor de la amistad y dejar atrás su rencor.En esta serie el es el Kazekage de la Arena
Los nuevos enemigos son los Akatsuki, una organización de siete poderosos criminales y su único objetivo conocido hasta la fecha es la bestia que habita en el interior de Naruto.Durante un tiempo Orochimaru y Kabuto fueron miembros de esta organización, mientras que el hermano de Sasuke es miembro activo.